Struktur organisasi Program Studi Teknik Elektro Program Magister Terapan mengacu pada Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Negeri Jakarta dan Rencana Strategis (Renstra) PNJ 2015-2019 tanggal 23 April 2015 yang diundangkan pada tanggal 8 Mei 2015.

Renstra PNJ tahun 2015-2019 ini merupakan legalitas untuk mempersiapkan PNJ menjadi institusi pendidikan vokasi berkelas Asia Tenggara.